El espectrómetro de masas PurIon™ puede combinarse con toda la gama de  CombiFla​sh NextGen, el CombiFlash EZ Prep o el ACCQPrep para identificar la fracción recolectada en función de la masa durante la purificación.

El software PeakTrak de Teledyne ISCO proporciona un control de todos los parámetros, permitiendo al usuario seleccionar entre tres configuraciones predeterminadas o personalizar los parámetros de ionización para maximizar la intensidad de la señal. Además, el software permite definir hasta cuatro iones de masa para la detección de picos, o tres iones y un rango de iones de masa. Aparte, es posible inyectar manualmente la muestra antes de la purificación para determinar los parámetros de ionización apropiados para la detección del compuesto.