El BioSampler® debe funcionar con una bomba de flujo sónico de alto volumen, como la bomba BioLite/BioLite+, que puede mantener 15 pulgadas de mercurio o 0,5 atmósferas de presión aguas abajo en el sistema. Las tres boquillas tangenciales del BioSampler actúan como orificios críticos (sónicos), y cada uno permite el paso de 4,2 L/min de aire ambiente para un caudal total de aproximadamente 12,5 L/min. Se puede utilizar un líquido de recolección con una viscosidad mucho mayor que la del agua, como ViaTrap (aceite mineral especial), con el BioSampler para proporcionar una eficiencia de recolección constante durante un período de muestreo de 8 horas.